清初，西北方居住的蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部，漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附清朝，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，与清朝关系密切。

康熙年间，准噶尔在领袖噶尔丹的统治下，势力强盛。康熙二十六年（1687年）底，沙俄参加中俄边界谈判的全权代表戈洛文，在伊尔库茨克专门接见了噶尔丹的代表，策动噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，噶尔丹本来就与喀尔喀三部中的土谢图汗部有矛盾，遂掀起对喀尔喀蒙古的战争。

康熙二十七年（1688年），噶尔丹亲率骑兵三万自伊犁东进，越过杭爱山，进攻喀尔喀蒙古，很快占领整个喀尔喀地区。土谢图汗察珲多尔济与哲布尊丹巴一世决定投清，于是喀尔喀三部数十万分路南奔，逃往漠南乌珠穆沁（在今内蒙古锡林郭勒盟）一带，向清廷告急，请求保护。康熙一面把他们安置在科尔沁放牧，一面责令噶尔丹罢兵西归。但噶尔丹气焰嚣张，置之不理，反而率兵乘势南下，深入乌珠穆沁境内。对于噶尔丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵马，严行防堵，一面调兵遣将，准备北上迎击，先后在乌兰布通和昭莫多大破准噶尔。康熙三十六年（1698年）二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下死去。至此康熙时期讨伐噶尔丹之战始告结束，漠北喀尔喀地区纳入清朝版图。

噶尔丹死后，策妄阿拉布坦便成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和地盘的不断扩大，又萌生向东扩张的野心。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤、哈密等军事重镇，并派兵侵入西藏。由于康熙及时派兵进藏协同藏军围剿，才将准噶尔势力赶出西藏。